La endoscopia se realiza mediante un aparato denominado endoscopio, que es un tubo flexible con el interior de fibra óptica en cuyo extremo hay una fuente de iluminación y una cámara que permite captar imágenes de los tejidos que se están explorando. Estás imágenes se visualizan y amplían en un monitor para que el médico pueda observar de forma directa la zona explorada. La prueba puede ser grabada con el fin de revisarla cuandon sea necesario.
Al endoscopio se le pueden añadir otros dispositivos con el fin de en el mismo acto realizar otras funciones, tales como tomar muestras para biopsias, aspirar secreciones, extraer cuerpos extraños o realizar algunas intervenciones quirúrgicas como, por ejemplo, una operación de menisco o la resección de pequeños tumores.