Se realiza en el quirófano, con anestesia local o general, en función del caso. En ocasiones la zona que queremos biopsiar no se palpa, por lo que el cirujano se perdería y correríamos el riesgo de biopsiar otra zona diferente a la sospechosa. Para evitar esto, se fija previamente una especie de alambre (arpón) en la zona sospechosa que nos indica la mamografía (este paso lo realiza el radiólogo en la sala de mamografías). A continuación, la enferma es llevada al quirófano, donde el cirujano realizará la biopsia teniendo que seguir el camino marcado por el alambre. El material obtenido es analizado al microscopio, obteniendo así el diagnóstico definitivo.