Puede ocasionar diarrea, nausea, vómitos, dolor epigástrico y anorexia. Frecuentemente se desarrollan candidiasis orales, rectales o vaginales después de la administración de doxiciclina debido a una reducción de las respectivas floras bacterianas. Se ha observado coloración de los dientes en los niños tratados con tetraciclinas, pero esta reacción adversa también se puede apreciar en adultos. Como resultado, se produce una hipoplasia del esmalte. Los pacientes tratados a largo plazo con tetraciclinas, incluyendo la doxiciclina, pueden desarrollar una deficiencia de vitamina B6, posiblemente debido a la acción de los antibióticos sobre la flora intestinal.