Los lactobacilos son parte de esta flora intestinal y desempeñan un papel importante en el desarrollo de la atopia. Los niños no alérgicos tienen mayor cantidad de lactobacilos en su flora intestinal que los alérgicos. A causa de esto se recomienda el uso de probióticos en los lactantes, ya que su uso de forma precoz podría prevenir el desarrollo de atopia.
Por otro lado, se podría afirmar que los niños criados en ambientes demasiado limpios son más propensos a sufrir dermatitis atópica. La prevalencia de esta patología se ha triplicado en los últimos 30 años en los países industrializados. El estilo de vida más "limpio" de los países desarrollados favorece que el sistema inmune no tenga que reaccionar contra los gérmenes del entorno y desarrolla una mayor tendencia alérgica.
Según explican los expertos, los niños nacen con el tracto intestinal estéril, es decir, carecen de las bacterias intestinales normales en el aparato digestivo. En los primeros días de vida los bebés adquieren estas bacterias (colonización y adquisición de la flora intestinal), lográndose a los tres meses la flora intestinal definitiva. El intestino está colonizado por multitud de microorganismos que actúan estimulando el sistema inmunológico, ya que la flora intestinal cumple un importante papel en la respuesta inmune.
Los niños con altas tasas de colonización intestinal tienen menos alergia que los que tienen una flora más pobre. Esto puede ocurrir por haber sido expuestos a tratamientos antibióticos o a causa de la alimentación. Como consecuencia, los niños con flora pobre son más propensos de padecer dermatitis atópica. Los nuevos sistemas de alimentación de los lactantes son responsables en parte de una colonización mucho más lenta que en el pasado.