Los expertos creen que es difícil conocer la prevalencia real de la intolerancia a la lactosa debido a la inespecifidad de los síntomas y a la autogestión que muchas personas hacen de sus problemas digestivos, sin acudir a un especialista. Aún así, el Dr. Federico Argüelles Arias, experto de la Fundación Española del Aparato Digestivo (FEAD), aclara que "las pruebas son sencillas y no invasivas", y considera que "la cantidad de lactosa que toleran los pacientes es variada, y ante la sospecha de intolerancia, es necesario confirmar el diagnóstico a través de un especialista".
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La ingesta de lactosa no afecta a todas las personas del mismo modo. Algunas notan sus efectos inmediatamente tras consumir pequeñas cantidades de lácteos, mientras otras tienen un límite más alto y es más difícil observar los síntomas, que son muy variables y pueden confundirse con otras enfermedades digestivas, como el síndrome de intestino irritable.
La tasa y el ritmo de pérdida de lactasa varían según el origen étnico, por que la prevalencia de la intolerancia a la lactosa difiere según las zonas geográficas. El Dr. Argüelles explica que "los europeos del norte poseen una actividad de lactasa más estable que los europeos del sur y, por tanto, no desarrollan intolerancia a la lactosa con tanta frecuencia como nuestro país y sus vecinos".
En Grecia se ha determinado una prevalencia del 38 al 45% de la población y en Francia del 37 al 47%. En base a los estudios realizados en los países vecinos se estableció que en España entre el 20 y el 40% de personas sufren intolerancia a la lactosa.