Aun cuando la obtención de la muestra de médula ósea es un procedimiento invasivo, pues implica penetrar en el organismo causando una herida, es menos agresivo que en otro tipo de biopsias y puede realizarse de forma ambulatoria por personal especializado. Lo habitual es que la muestra se extraiga bien del esternón, bien del hueso iliaco (cadera). En el primer caso, el paciente se coloca en una camilla tendido boca arriba, y en el segundo tendido boca abajo.
Tras una cuidadosa desinfección de la zona, el médico inyectará una pequeña cantidad de anestésico local e introducirá la aguja de biopsia hasta penetrar en el hueso, momento en el que retirará la guía que la aguja lleva en su interior. Si lo que pretende obtener es únicamente una muestra de médula ósea, conectará la aguja a una jeringa y aspirará tirando del émbolo hacia fuera. Si se trata de obtener una muestra de hueso, el médico hará rotar la aguja hasta que se deposite un fragmento de hueso en su interior.
Tras la obtención de la muestra en ambos casos, el médico retirará la aguja, aplicará presión en el punto de punción para evitar el sangrado y colocará un apósito. Finalmente, colocará la muestra obtenida en un medio adecuado y lo enviará al laboratorio de anatomía patológica para su estudio al microscopio.
El procedimiento suele durar entre 10 y 15 minutos.