La Asociación Española de Pediatría (AEP), la Sociedad Española del Sueño (SES), la Sociedad Española de Pediatría Extrahospitalaria y de Atención Primaria (SEPEAP) y la Asociación Española de Pediatría de Atención Primaria (AEPap) han alertado del peligro del uso sin control médico de la melatonina, que se comercializa como complemento nutricional en población infantil, más allá de los casos en los que su empleo podría estar indicado. Su utilización en niños se debe realizar bajo control médico.
Aunque varios estudios muestran que en niños su consumo podría tener un efecto beneficioso en la regulación del sueño, aún no existen suficientes investigaciones al respecto y se desconocen muchos de sus efectos terapéuticos y posibles efectos secundarios a medio y largo plazo. Por lo que los expertos desaconsejan la generalización de su uso clínico en el tratamiento del sueño o del insomnio en niños sanos sin una supervisión médica.
Los expertos han establecido recomendaciones específicas para las distintas franjas de edad y siempre partiendo de que la melatonina sólo se aconseja en ocasiones para facilitar el inicio del sueño y en aquellos casos en que el trastorno esté asociado a una alteración del ritmo vigilia-sueño. En niños menores de seis meses recomiendan no utilizar esta sustancia; hasta los 12 meses, si se utiliza, debe ser bajo supervisión y no debe prolongarse más de cuatro semanas; de uno a tres años es el médico el que debe indicar y controlar la duración del tratamiento; y en niños mayores de tres años, donde no se han visto efectos secundarios no deseados, se recomienda también el seguimiento médico.