El médico realizará una inspección minuciosa de los ojos y preguntará sobre posibles alergias o el uso de lentes de contacto. Tomará una muestra de las secreciones para analizarla y realizar un cultivo. Por lo general, es una enfermedad fácil de diagnosticar y el médico de cabecera podrá seguir su evolución. Las formas complicadas se deben remitir a un oftalmólogo que realizará pruebas más completas
Se someterá al paciente a un examen con lámpara de hendidura, que es una especie de microscopio con el que se pueden ver las diferentes estructuras del ojo. Es una prueba que no es molesta ni dolorosa y que sólo requiere que el paciente permanezca quieto. Así, será posible descartar otras causas de ojo rojo que puedan producir síntomas iguales a los de la conjuntivitis, pero que requieran un tratamiento diferente.
Si el resultado del cultivo es negativo, puede ser conveniente realizar un estudio de sensibilización a alérgenos.
Es necesario recordar al enfermo que en las conjuntivitis infecciosas los cosméticos de los ojos se pueden haber contaminado, siendo necesario descontinuar su uso y desecharlos.