El diagnóstico del eczema atópico se realiza por el aspecto de las lesiones y tras realizar una historia clínica completa donde consten los antecedentes familiares y personales de alergia y asma, y tras realizar unas pruebas de sangre para determinar el anticuerpo de la alergia (IgE).
Se puede confundir con otros trastornos cutáneos, como la dermatitis seborreica (también conocida como "costra láctea"), la psoriasis (una enfermedad de origen genético que provoca descamación e inflamación de la piel), y la dermatitis por contacto (provocada por el contacto directo de la piel con una sustancia irritante, como determinados metales, medicamentos o jabones).
Sin embargo, no existe ninguna prueba definitiva para diagnosticar el eczema atópico.
Por otra parte, para diagnosticar el eczcema alérgico de contacto se deben realizar pruebas de contacto epicutáneas con el fin de determinar el alérgeno responsable de las lesiones.